Sisäinen tarkastus pyrkii itsenäisesti ja objektiivisesti arvioimaan yhtiön liiketoimintoja sekä avustamaan yhtiötä tavoitteiden saavuttamisessa arvioimalla ja kehittämällä järjestelmällisesti yhtiön riskienhallintaa, sisäistä valvontaa sekä hyvää hallintotapaa. Sisäisen tarkastuksen työtä ohjaa hallituksen tarkastus- ja hallinnointivaliokunnan hyväksymä sisäisen tarkastuksen ohjesääntö.
Sisäisen tarkastuksen laajuus määritellään tarkastus- ja hallinnointivaliokunnan vuosittain hyväksymän sisäisen tarkastuksen vuosisuunnitelman mukaisesti. Toimitusjohtaja vastaa sisäisen tarkastustoiminnon organisoinnista Citycon konsernissa sekä siitä, että sisäinen tarkastus suoritetaan sisäisen tarkastuksen ohjesäännön, sisäisen tarkastuksen vuosisuunnitelman sekä tarkastus- ja hallinnointivaliokunnan päätösten mukaisesti. Sisäisen tarkastuksen tulokset raportoidaan tarkastus- ja hallinnointivaliokunnalle ja toimitusjohtajalle.
Sisäinen tarkastus on järjestetty yhteistyössä tarkastus- ja hallinnointivaliokunnan hyväksymän ulkoisen palveluntarjoajan kanssa. Vuonna 2021 sisäiset tarkastukset kohdistuivat muun muassa Cityconin luoton hallinnointiin, Cityconin kiinteistöhallinnointi prosesseihin, yhtiön hallintoon sekä HR prosesseihin.